Sejarah Desa Pantenen tidak terlepas dari sejarah masyarakat Desa Pantenan Kecamatan Panceng Kabupaten Gresik, yang mana desa ini awalnya berdekatan dengan Desa Bluri Kecamatan Solokuro Kabupaten Lamongan dengan jarak sekitar 0,5 KM.

Karena suatu sebab saling mempertahankan budaya antara warga Desa Pantenan dengan warga Desa Bluri maka pada akhirnya warga desa Pantenan mengininkan pindah ketempat yang agak jauh dari Desa Bluri yaitu berjarak sekitar 1,6 KM dari batas desa Bluri ke timur (masih dalam wilayah Desa Pantenan).

Pantenan itu berasal dari sebuah nama sendang Pantenan yang merupakan cikal bakal masyarakat Pantenan bertempat tinggal di sekitar sendang tersebut.

Desa Pantenan mempunyai nama lain yaitu Senggot dimana pada saat itu wilayah yang dihuni oleh warga Pantenan dari kepindahannya terdapat sumur tua yang sumbernya cukup besar yang diberi nama Sumur Gede yang saat sekarang terletak di tengah-tengah Desa Pantenan, yang pada waktu itu untuk mengambil air dari sumur tersebut menggunakan senggotan(pring kuning ginating tuyo) yang artinya alat untuk mengambil air dari sumur yang berupa bambu atau kayu, sehingga sampai sekarang masih terkenal di desa sekitar dengan sebutan Senggot, tetapi secara administrasi / formalnya menggunakan nama Desa Pantenan.

Sebelum dan setelah Indonesia merdeka, desa Pantenan telah mengalami beberapa masa kepemimpinan, yaitu:

1. P. PROYO (Periode Tahun 1880-1920)
2. KARMIDI (Periode Tahun 1920-1922)
3. SYAWAL (Periode Tahun 1922-1940)
4. SOKRAN (Periode Tahun 1940-1956)
5. H. ABDULLAH (Periode Tahun 1956-1990)
6. H. MASDUKI (Periode Tahun 1990-2007)
7. AMIRUL MU’MININ, SE (Periode Tahun 2007-2019)
8. MUHAMMAD ILMIN (Periode 2019 sampai sekarang)